Paper Animal Adventure — процедурно генерируемый мир, где каждое новое прохождение кардинально отличается от предыдущего благодаря уникальному расположению карт, событий и противников. Группе отважных зверей предстоит отправиться в путешествие с целью отыскать пропавшего короля, чье исчезновение повергло родную деревню в хаос. В перерывах между исследованием подземелий отряд может отдохнуть на специальных этажах-лагерях, где позволяется перевести дух и подготовиться к дальнейшим испытаниям. Боевая система проекта представляет собой гибрид пошаговой тактики и сражений в реальном времени.

Персонажи, которых насчитывается 10, обладают специализацией в атаке, защите или поддержке. Развитие героев осуществляется через экипировку и улучшение умений, а также поиск особых наклеек, дарующих пассивные бонусы. Некоторые из этих стикеров, будучи голографическими, предоставляют более мощные усиления. В Paper Animal Adventure реализована система создания предметов: используя похищенный у врагов котелок, можно экспериментировать с различными комбинациями найденных ингредиентов. Сложность приключения настраивается при помощи шести различных уровней, позволяя адаптировать вызов под свой стиль.

Игровой процесс построен на цикличном исследовании мира, где каждая попытка, даже закончившаяся поражением, помогает накопить опыт и ресурсы для последующих, более глубоких заходов. Помимо рядовых врагов, на пути авантюристов встанут боссы, обладающие усиленными версиями для повторных прохождений в режиме Rewind Run. Авторы черпали вдохновение в таких сериях, как Paper Mario и Pokémon Mystery Dungeon, что нашло отражение в визуальном стиле и ключевых механиках этого ролевого тайтла. Главной задачей героев является не только спасение монарха, но и запечатывание временных разломов, угрожающих их красочной вселенной.