Agent Sirius — ролевой детектив, сюжетная линия которого сосредоточена на загадочных инцидентах в стенах академии Star Haven. Главная героиня Бени Акесузу успешно маскирует работу в секретном ведомстве Bancho под деятельность руководителя школьного клуба расследований. Мирным будням учебного заведения угрожают потусторонние сущности Poison, манипулирующие тайными желаниями людей для установления контроля над персоналом и учениками. В поиске ответов протагонистка сталкивается с потребностью отражать атаки монстров, скрывающихся в тенях. Повествование наполнено мистикой и требует постоянного взаимодействия с окружающими персонажами для предотвращения катастрофы.

Игровой цикл строится на скрупулезном изучении улик и анализе поведения подозреваемых, среди которых оказываются как сверстники, так и учителя. В Agent Sirius предусмотрена глубокая система репутации, где качество связи с напарницей Надешико Шираторой напрямую влияет на доступные варианты действий. Каждое принятое решение несет долгосрочные последствия, формируя одну из нескольких возможных концовок истории. Значительный интерес представляет механика неудач в бою, не прерывающая прохождение, а уводящая сценарий по мрачным побочным маршрутам под вражеским влиянием. Сочетание тактического применения специальных гаджетов и детективной интуиции позволяет эффективно избавлять территорию от сверхъестественной скверны.