SUPER ROBOT WARS Y разворачивает перед игроками тактические сражения на клеточном поле, объединяя боевые единицы и пилотов из многочисленных аниме-вселенных. Геймерам предстоит руководить мехами на изометрической карте, продуманно расставляя их для противостояния вражеским силам в пошаговых битвах. Ключевая задача каждого задания — привести собранный отряд к победе над общими неприятелями. Этот одиночный тайтл сводит героев из разных научно-фантастических саг в одном масштабном конфликте, создавая насыщенную деталями вселенную для исследования.

По завершении каждого этапа геймеры получают кредиты и ресурсы, тратя их на модернизацию боевых машин и подготовку экипажей к грядущим вызовам. Опыт в игре SUPER ROBOT WARS Y знакомит с системой Assist Link, вовлекающей в активные действия персонажей поддержки. Эта механика позволяет им принимать участие в операциях, усиливая собственные способности и влияние на поле боя, что может кардинально изменить исход битвы.

Структура игры способствует столкновениям роботов и их командиров из разных франшиз, сходящихся в пошаговых тактических баталиях. Эти противостояния формируют основу новой, насыщенной повествованием саги в рамках знакомой вселенной. Проходя сюжетную кампанию, геймер становится свидетелем уникальных взаимодействий и конфликтов между героями, чьи пути в иных обстоятельствах никогда бы не пересеклись. Игровой процесс представлен с видом сверху и требует грамотного управления отрядом и точного выполнения маневров для преодоления трудностей и продвижения по истории.