Towa and the Guardians of the Sacred Tree начинается с того, как жрица Това собирает своих соратников для защиты деревни Синдзю от наступающего зла. Ей предстоит повести стражей против сил Магацу — сущности, угрожающей далёкому мистическому миру. Главная задача — восстановить покой, исследуя опасные земли, чьё великолепие скрывает многочисленные угрозы. Приключение охватывает несколько временных линий, на протяжении которых отряд борется за будущее своего дома. Каждая экспедиция ослабляет влияние Магацу и позволяет узнать больше об окружающем мире.

Сражения в Towa and the Guardians of the Sacred Tree основаны на взаимодействии двух персонажей. Геймер напрямую управляет Товой, сражающейся посохом Кагура, и выбирает одного из 8 стражей себе в напарники. Каждый соратник владеет особым набором мечей, известных как Цуруги, и обладает уникальными способностями. Такая механика позволяет формировать разные боевые стили в зависимости от выбранного для задания спутника. Для зачистки подземелий и победы над приспешниками Магацу необходимо комбинировать их умения.

Между вылазками игрок возвращается в деревню Синдзю, развивающуюся по мере продвижения сюжета. Здесь можно налаживать отношения с жителями, узнавая их обычаи и личные истории. Поселение служит центром для постоянного усиления отряда. В додзё предлагается оттачивать навыки, в кузнице — создавать новые мечи, а также призывать могущественных Грейс для получения преимуществ в будущих походах. Эти занятия тесно связывают динамичный игровой процесс с повествованием и развитием героев.