Exorcism Agency поручает первоклассным экзорцистам отправляться в зоны, кишащие духами, для отлова сущностей при помощи мистических техник. Игровой процесс сочетает элементы карточного рогалика с механикой сбора комбинаций из трех элементов, где карты фантомов разных цветов заполняют динамический боевой трек. Геймеру предстоит разыгрывать свои карты, устраняя эти создания с поля и оперативно выполняя поставленные цели.

Составление продуманных комбинаций в Exorcism Agency приносит щедрое вознаграждение, используемое для оплаты различных услуг в магазине, что делает каждую миссию по изгнанию нечисти уникальной. Схватки с могущественными боссами в образе девушек-призраков испытывают концентрацию и волю охотника на духов. Когда эти сущности получают урон, их здоровье снижается, приводя к разрывам на одежде и громким крикам. Персонаж, поддавшийся чарам противниц, рискует быть полностью лишенным жизненной энергии.

Для победы необходимо методично очищать духовный трек, используя собранную колоду и нанося фатальный удар в подходящий момент. После победы зародыш поверженного духа автоматически попадает в Призрачный питомник для дальнейшего взращивания. Призрачный питомник представляет собой место для взращивания пойманных зародышей, превращая их в сильных союзников. Проявление заботы повышает благосклонность создания, открывая доступ к новым способностям, боевым усилениям и уникальным коллекционным вещам. Игрок может кормить их особыми подношениями, получаемыми в битвах для ускорения этого процесса и разблокировки таких функций, как режим камеры.