Gentoo Rescue — это набор логических испытаний, в которых перемещение и взаимодействие становятся основой прохождения. В процессе геймер управляет пингвинами и моржами, перемещая их по цепочке взаимосвязанных задач. Каждая головоломка требует применения инструментов, меняющих поведение объектов. Простые вещи вроде магнита или молота вызывают эффекты: остановка, отскок, замена местами или притягивание. Действия персонажей приводят к разным результатам, поскольку цели у моржей и пингвинов могут конфликтовать.

Gentoo Rescue предлагает исследовать структуру, где одна загадка может вести внутрь другой. Глубже погружаясь в механику, геймер получает новые инструменты и находит нестандартные подходы к задачам. Решения выходят за рамки одной сцены, затрагивая всю систему. Так появляется дополнительный уровень взаимодействия, объединяющий внутренние связи между головоломками. Тайтл построен на системе прогресса через предметы. С получением новых возможностей появляется доступ к ранее недоступным маршрутам.

Свободная структура перемещения между регионами позволяет накапливать опыт и знания. Каждый участок предлагает уникальные механики и элементы. Журнал помогает отслеживать найденные функции и недостающие элементы для текущей цели. Подсказки встроены в игровой процесс, подталкивая к логическим выводам, не упрощая прохождение. Более 300 заданий созданы вручную и не повторяются. Каждая сцена содержит одну ключевую идею. Геймплей сфокусирован на логике и экспериментировании. Разнообразные зоны отмечены переходами между наборами правил и предметов.