Lost Skies предлагает мир, состоящий из раздробленных массивов суши, где геймеры перемещаются по небесам, наполненным древними руинами и передовыми технологиями. Они прокладывают курсы через эту среду, создавая собственные воздушные суда, чтобы противостоять силам окружения и серьезным угрозам среди парящих островов. Эта кооперативная игра поддерживает как групповые экспедиции с друзьями, так и одиночные путешествия по её пространству.

Геймеры совершают путешествия в Lost Skies, чтобы исследовать руины прошлых цивилизаций, стремясь понять причины их гибели. Перемещение включает применение особых технологий для преодоления препятствий, встречающихся в небесах, наполненных опасностями и интересными местами. Изучение содержит обследование старых сооружений и использование Атласа, источника энергии, ключевого для парящего состояния мира, для решения головоломок и поиска оставшихся технологических артефактов; в то же время автоматизированные средства защиты, такие как турели и дроны, патрулируют острова, создавая угрозы на суше и с воздуха, наряду с огромными существами, странствующими по небесам со времен прошлого уничтожения человечества.

В этом открытом сеттинге построенное персонажем воздушное судно служит нескольким целям: транспорт, убежище и платформа для боя. Игровой процесс включает подробную систему конструирования судов, позволяющую свободно размещать компоненты и возводить уникальные летающие аппараты. Им необходимо учитывать такие факторы, как прочность конструкции, маневренность и распределение вооружения при проектировании своих творений для встречи с грядущими трудностями, что приводит к различным конфигурациям судов.