Neptunia Game Maker R:Evolution переносит игроков в альтернативную версию Гаминдустри, где главная героиня - Старшая Нептун - становится во главе переживающей трудности игровой компании. Путешественница по измерениям объединяется с тремя падшими божествами, прозванными Богинями Неудачи, которые вербуют ее, чтобы она привела их компанию Victory обратно к известности. Действие игры разворачивается в мире, где игровые компании ведут корпоративные сражения за доминирование на рынке, а такие известные державы, как First Makers, контролируют огромные территории через свои консольные империи.

Игроки будут ориентироваться в политике индустрии и укреплять влияние Victory вместе с Пиппих, расчетливым продюсером, мечтающим о глобальном объединении, Джагаа, которая занимается PR, несмотря на свой страх перед жуками, и Ридио, программистом, проводящим сомнительные эксперименты с продуктами питания. В сюжете переплетаются уже известные персонажи сериала, в том числе Первые создатели - Нептун из Planeptune, Нуар из Lastation, Блан из Lowee и Верт из Leanbox. В это время Вторые Сестры управляют подразделениями портативных игр, решая проблемы бутлегерства и пиратства, а руководители Золотой Третьей держат в своих руках разработку программного обеспечения.

Повествование охватывает конфликты с «Пиратскими производителями», возглавляемыми Арфуаром и ее специализированными руководителями, которые копируют аппаратное обеспечение, иллюстрации и код из легальных игр. Попутно таинственная Ф-Ша ищет ответы на вопросы о проклятии, а Кройр, фея-возмутительница спокойствия, освобожденная из Неп-Нота, скрывается в штаб-квартире Pirate Makers.