События проекта Stargate: Timekeepers разворачиваются внутри отдельной вселенной под названием SG-1. Все начинается с Битвы за Антарктику, где командир Ева МакКайн ведет сражение против флота Анубиса. Уже после этого, пользователь сможет взять под контроль отряд, подчиняющийся этой самой Еве, чтобы проникнуть в тыл противника и выполнить целый ряд опасных заданий. От этого зависит исход войны, поэтому ни у кого нет права на ошибку.

Сюжетная кампания Stargate: Timekeepers состоит из 14 последовательных миссий, в ходе которых предстоит сразиться сразу с несколькими уникальными видами враждебных существ. Кто-то делает упор на ближний бой, а кто-то наоборот предпочитает оставаться на расстоянии до цели. Некоторые локации (например, стартовую), можно пройти в стелс-режиме, устраняя врагов одного за другим. Каждый юнит имеет заскриптованный маршрут и радиус обзора. Обнаружение происходит не сразу, и до наступления критической ситуации можно успеть нейтрализовать врага. Перемещение, как и прочие активные действия, происходят при помощи мыши. Но не стоит думать, что во время каждой следующей вылазки удастся сконцентрироваться исключительно на ведении боя. Иногда, нужно будет переключаться на лечение союзников, нейтрализацию вражеских электронных приборов, а также ряд других задач. Более того, любая вылазка требует четкого понимания возможностей команды. Каждый персонаж относится к определенному классу, и это нужно учитывать для успешного ведения боя. Например, Дерек Харпер имеет при себе управляемых дронов, которые как раз таки обеспечивают удаленную нейтрализацию девайсов, а также проводить разведку труднодоступных областей.