Ninja Brigade feat. Jonah Weingarten помещает музыканта Джону Вайнгартена в условия феодальной Японии после взаимодействия с аркадным автоматом. Переместившись в сам игровой мир, он становится главным героем. Чтобы вернуться в свое время, Джона должен исследовать это двухмерное окружение и справляться с его трудностями. Геймплей подразумевает изучение связанных между собой локаций и сражения с враждебными существами.

Пространство Ninja Brigade feat. Jonah Weingarten отображает конкретные области древней Японии, такие как замковые территории, подземные пещеры и лес, переходящий в горный перевал. Эта среда подвержена процессу Онификации — заражению демонической энергией. Данная сила изменяет ландшафт и его обитателей, усиливая их враждебность. Джона обучается направлять эту энергию, открывая доступ к форме Они для получения тактических преимуществ. Игрок сопровождает Джону по этому 2D-экшен-платформеру. Продвижение в игре зависит от освоения новых способностей, открывающих путь к ранее недоступным зонам и помогающих преодолевать опасности окружения.

Сражения включают столкновения с многочисленными Ёкаями, существами, измененными под действием демонического влияния. Персонаж применяет боевые техники, комбинируя скорость ниндзя и мощь, доступную при трансформации в Они. Каждый отдельный регион завершается противостоянием с крупным Ёкаем, который выполняет роль стража. Устранение этих особенных противников обязательно для дальнейшего продвижения по локациям тайтла. Подобные стычки предоставляют Джоне часть силы поверженного врага, увеличивая его личные возможности.