Lilith Odyssey совмещает в себе сразу несколько привычных механик, благодаря чему игровой процесс становится более увлекательным. Здесь, коррумпированное галактическое правительство буквально высасывает жизнь и ресурсы из инопланетных рас, которые встречаются у них на пути. Пользователю, который управляет одной из семей инопланетян, предстоит пробраться через просторы далекого космоса в поисках нового начала, избегая нападений враждебной среды.

Игровой процесс в Lilith Odyssey начинается с обучения, по ходу которого можно настроить базовые параметры и выбрать один из предложенных полуразваленных кораблей. Благодаря системе навигации, можно выбирать направление движения и обозначать объекты, которые хочется изучить в первую очередь. При этом, следует избегать космических штормов и зон, в которых проводятся рейды. Благодаря наличию радара и сканера на корабле, игрок заранее определит местоположение таких участков пространства, чтобы выбирать альтернативный маршрут. Рейдеры представляют особую опасность, ведь их корабли отличаются повышенной огневой мощью и маневренностью.

Что касается планет, то каждая из них имеет уникальный климат, биомы и содержит непохожих друг на друга существ. Некоторые из них окажутся совершенно безобидными, а другие могут начать атаковать членов семьи как только те попадут в поле зрения. Это опасно, ведь на начальных этапах у геймера может не оказаться подходящих средств для того, чтобы дать отпор. Кроме того, в зависимости от уровня сложности, масштаб опасности будет только возрастать. Но все не так плохо, ведь со временем команда сможет обзавестись ресурсами, и тот же корабль будет оснащен щитами, пушками и прочими полезными гаджетами.