Sphere - Flying Cities переносит игрока в научно-фантастический мир. Градостроительный симулятор включает элементы стратегии и выживания в необычных условиях. Сюжетная кампания имеет несколько исходов и событий, влияющих на дальнейшее прохождение. Пользователь становится руководителем небольшой группы людей, которым потребуется восстановить общество во вражеской среде.

Сюжет начинается в будущем, когда массивный астероид угодил на Луну. Множество обломков от спутника и комет попало на Землю. Поверхность планеты стала непригодной для жизни из-за радиоактивных осадков. Экосистема постепенно становится хуже, но лучшие умы человечества смогли создать новую антигравитационную технологию. Знания помогли спроектировать летающий город, назвавшийся последним бастионом людской цивилизации. Пользователь становится командиром и берёт контроль над летающим городом. Восстанавливая общество, предстоит защищать территории и преодолевать препятствия.

Экосистема хрупка, а люди на грани срыва, если не угодить их желаниям или требованиям. Благополучие подданных позволит добиться успеха в миссии. Колонисты требуются в крове, еде и медицинском обслуживании. Иногда для выживания необходимо разумно жертвовать. Ученые в космосе исследуют новые технологии, способные увеличить параметр каждого аспекта в прохождении. Оборудования и специальные гаджеты помогут противостоять стихийным бедствиям: ядовитые облака, астероиды и геомагнитные бури.