NEBULOUS: Fleet Command дает возможность погрузиться в космические баталии, что происходят между галактическими флотами. Геймеры будут выступать в роли командира, что вынужден управлять кораблями, используя для ориентирования радары и вступая в радиоэлектронную борьбу. Судна будут перемещаться по трехмерному пространству, где приходится подбирать желаемую флотилию и сталкиваться с врагами в открытом космосе. Военная техника будет нести на борту большое количество вооружения, подходящее под разные ситуации.

Геймплейные механики в НЕБУЛОУС: Флит Комманд выполнены в стиле тактических стратегий, где предстоит реализовывать разнообразные маневры. Игроки будут пользоваться кинетическими и лучевыми типами пушек, что оснащены на базовых суднах. Необходимо прорабатывать план действий перед началом миссии, принимать оперативные решения в процессе схваток и реагировать на динамично развивающиеся события, что вносятся за счет рандома или неожиданных ходов со стороны противника.

Игра основана полностью на боевых стычках, где нет потребности заниматься экономическими вопросами. Придется углубляться в методичные баталии, где получится отступать, совершать ответные контратаки или действовать хитро, чтобы одержать вверх над врагом. Юзеры смогут управлять каждым отдельным юнитом, вплоть до его отдельных средств передвижения. Получится создавать группы из боевых единиц или разделят их, выдавая каждому экипажу отдельное занятие или цель.

Игроки могут распределять выстрелы с одной машины по разным вражеским мишеням, а также создавать прикрытие для союзников. У каждого типа вооружения есть свои преимущества и недостатки. Юзеры смогут скрывать своих юнитов от сенсорных систем при помощи астероидов или газовых облаков, ослеплять противника с помощью глушителя или осветлять пространство, где могут быть скрыты объекты соперника. В игре нет полосок здоровья, а разрушение зависит от попаданий в компоненты и броню транспорта. В специальном редакторе пользователи смогут самостоятельно проектировать судна, расширяя собственный флот.