Сюжет Crypt Crawler стартует после падения героев королевства под натиском орд нежити, хлынувших из открытых врат Преисподней. Миссия по запечатыванию разлома возлагается на одинокого гоблина-механика. Персонажу предстоит 16-уровневый спуск в кишащее монстрами подземелье для достижения и закрытия портала. Каждый этап предлагает новую тактическую задачу, вынуждая гоблина забираться всё глубже на вражескую территорию ради выполнения миссии.

Путешествие погружает в мрачную фэнтезийную обстановку, требующую стратегических действий для выживания. Геймплей Crypt Crawler с видом сверху совмещает исследование подземелий и тактическое строительство. Перемещаясь по локациям, игроки собирают ресурсы и разыскивают чертежи для открытия новых оборонительных башен. Эти автоматизированные постройки необходимы для сдерживания нежити — они режут, бьют током и взрывают врагов.

Успех зависит от грамотного размещения укреплений для создания смертельных зон и контроля наступающих волн противников, объединяя сражения в реальном времени со стратегическим планированием. Основную кампанию можно проходить в одиночку или в локальном кооперативе до четырёх игроков. Командный геймплей мотивирует координировать тактику и распределять обязанности по строительству и ведению боя. Для желающих продолжить прохождение после завершения созданных вручную уровней, игра предлагает процедурно генерируемые арены-подземелья.