PUNIHI LOADER 2 представляет собой шутер от третьего лица, ориентированный на настраиваемые игроком механические костюмы. Геймеры берут под контроль этих мехов, каждый из которых пилотируется особым, одноголовым организмом, именуемым Пунихи, единственным загадочным созданием. Обширная система кастомизации предлагает свыше 150 взаимозаменяемых деталей, включая корпус, левую руку, правую руку, ноги и особое оснащение на спине, что дает возможность сконструировать уникальный боевой механизм.

Кроме технических модификаций, внешность Пунихи также можно менять с помощью разнообразных элементов одежды, добавляя ему индивидуальности. Суть геймплея заключается в сборке предпочтительной конфигурации меха для его дальнейшего применения в разнообразных ситуациях. Сюжет PUNIHI LOADER 2 разворачивается в Нео Асахикава — локации, где состязания с участием Пунихи, управляющих мехами, стали весьма популярны. Геймеру предстоит возглавить команду, стремясь вывести свой отряд на доминирующую позицию в этой соревновательной среде, одолевая многочисленных оппонентов.

Схватки обычно подразумевают, что игрок действует при поддержке двух напарников под управлением ИИ, что требует тактического взаимодействия для разработки действенных планов во время битв 3 на 3 против вражеских команд на специализированных аренах. Эти столкновения предлагают прямые, напряженные боевые испытания. Кроме того, данная игра предлагает режим заданий для получения ресурсов, ставя перед геймерами задачи по устранению мелких врагов и схваткам с огромными боссами для заработка средств на последующие улучшения или настройку.