PROJECT 13 погружает игроков в жизнь Пробанта, одного человека из множества людей, похищенных и порабощенных структурой, известной как Группа Проект 13. Лишенному права выбора и считающемуся расходным материалом, испытуемому предстоит пересекать коридор психиатрической больницы, который постоянно зацикливается. С видом от первого лица главная задача для субъектов — обнаружение несоответствий окружения во время их вынужденных обходов. Это замкнутое пространство требует непрерывного внимания от находящихся внутри.

Основная механика PROJECT 13 строится на внимательном наблюдении и составлении отчетов в зацикленном коридоре. Испытуемые совершают походы, выискивая любые изменения или элементы, отклоняющиеся от исходного состояния коридора. Точное выявление этих аномалий крайне важно; симуляция содержит свыше 35 возможных отклонений, способных проявиться. После каждого цикла Пробант обязан подтвердить, заметил ли он какую-либо аномалию, поскольку неверный отчет или неспособность заметить изменения заставляют начинать последовательность заново.

Продвижение зависит от постоянной точности испытуемого на протяжении множества итераций цикла и отчетности. Этап подтверждения завершает каждый обход, требуя точного отчета о любых замеченных феноменах или констатации их отсутствия. Дальнейший путь включает успешное преодоление и отчетность на протяжении 13 отдельных обходов без ошибок, что, предположительно, открывает доступ к выходу. Время достижения этого результата в этой игре непостоянно, может составить 40 минут или существенно больше, в зависимости от наблюдательности геймера и строгого следования установленным процедурам.