Jelly Troops ставит перед командирами задачу по захвату флагов, управляя армиями слизней в динамичных тактических столкновениях. Цель — опередить противника по числу захваченных объектов в формате до двух побед, где исход решает быстрота мышления. Отряды собирают Магические Фрукты, расходуемые на пополнение армии, нападение на вражеские силы или удержание флагов.

Направление большего числа слизней на одну задачу ускоряет её выполнение, ставя игрока перед постоянным выбором между быстрым развитием, агрессией или контролем карты. На картах проекта Jelly Troops обитают огромные Стражи, представляющие нейтральную угрозу для всех фракций. Эти гигантские существа автоматически атакуют любые отряды, попадающие в их зону действия, однако их можно стратегически выманивать из ключевых точек. Командиры также способны заманивать Стражей к позициям неприятеля для создания узких проходов или строить стены, заставляя оппонентов выбирать обходные пути.

Функция невидимости открывает дополнительный тактический простор для манёвров и внезапных атак. Поле боя усеяно усилениями, способными изменить ход матча. Геймплей предлагает как заклинания прямого урона, включая удары молнии и метеоритные дожди, так и полезные бонусы вроде ускорения или временной невидимости для скрытных манёвров. Некоторые предметы позволяют геймеру призвать на свою сторону трио дружественных Стражей. Данная стратегия доступна в сетевых баталиях, локальных матчах с разделением экрана и в виде серии одиночных испытаний.