Neyyah переносит игрока в таинственный мир после странного сна. Для разгадки тайн, скрытых в его своеобразных ландшафтах и причудливых культурах, необходимы тщательное наблюдение и логика. Местом действия выступает совокупность отдаленных, почти заброшенных островов, разделенных сложными портальными механизмами. Эти локации несут на себе отпечатки двух интригующих цивилизаций, чья история раскрывается через исследование и решение головоломок. Первоначальная задача — разобраться в новом окружении.

Путешествие в мире Neyyah начинается после встречи с персонажем по имени Вамир в местечке Олуджей. Вамир отправляет геймера в новую локацию ради его безопасности, предоставив лишь минимум информации о предстоящей миссии. Необходимо исправить ошибку, отомстить за цивилизацию и раскрыть тайну. Однако события разворачиваются не по плану, делая возвращение к Вамиру невозможным без преодоления мировых испытаний и препятствий, составляющих основу игрового процесса.

Для возвращения в Олуджей предстоит изучать острова и взаимодействовать с окружением. Этот процесс включает соединение механических устройств, использование ржавых рычагов и активацию портальных систем из синей плазмы, разбросанных по разным местностям. Манипулируя этими устройствами, можно узнать детали о культурах, сформировавших вселенную тайтла. По мере продвижения вглубь древнего сердца этого мира, в финале игры сделанные открытия приведут к раскрытию правды о судьбе самой Земли.