Sophonce повествует о миссии Мэтью — суперсолдата из инкубатора, посланного в 2973 году на планету Посейдон. Ему в одиночку предстоит изучить сигнал бедствия с научной станции после пропажи предыдущего отряда. События разворачиваются в будущем, в котором чужеродный вирус сделал человечество бесплодным, вынудив его прибегнуть к массовому искусственному размножению. Прямым последствием этого стало появление бездушных людей — факт, доказанный технологиями за столетия до основных событий. Центральный игровой конфликт строится вокруг Мэтью, которому предстоит выяснить судьбу аванпоста в галактике Черный Глаз.

Боевой геймплей в Sophonce сочетает телекинетические силы и стихийное вооружение. Механика Режима Рефлекса помогает в сражениях, замедляя время для получения тактического превосходства. Игроку доступен внушительный арсенал с уникальными характеристиками, изменяемыми особыми боеприпасами. В их число входят стазисные, пиротехнические, гравитационные, шоковые и разломные снаряды, предназначенные для конкретных видов оружия. Такое разнообразие обеспечивает вариативность в жестоких столкновениях, заставляя тщательно подбирать экипировку под каждую угрозу.

Сюжетная линия включает философские мотивы, связанные с концепцией души. В 2222 году технологии доказали ее существование и наличие высшей силы, изменив этим общество. Главный конфликт для Мэтью, бездушного протагониста, напрямую соотносится с этим открытием. Развитие событий зависит от решений и поступков, определяющих один из нескольких возможных финалов всей игры. Повествование раскрывает эти идеи с позиции существа, спроектированного без души, но вынужденного действовать в мире, где ее наличие является неоспоримым фактом.