Nyakori's Rabbit Doll начинается с пробуждения Нярутору, девушки с кошачьими ушами, обнаружившей себя в полном одиночестве. Ей предстоит проходить через комнаты со смертельными ловушками и решать загадки для дальнейшего продвижения. Ключевая задача — раскрыть секрет, сокрытый в глубинах ее памяти. Это путешествие наполнено множеством CG-иллюстраций и пиксельных анимаций, детализирующих действия протагонистки.

Сюжет развивается по мере того, как эгоистичная и равнодушная героиня отправляется на поиски своей пропавшей напарницы. Сюжет тайтла Nyakori's Rabbit Doll сосредоточен на взаимоотношениях Нярутору и Някори, зрелой блондинки с хвостиками, которую первая считает сестрой. Поиски подруги, являющейся одновременно и опекуном, постепенно проливают свет на мрачную тайну. Чтобы полностью раскрыть загадку, игра дает возможность управлять разными персонажами, предлагая взглянуть на события с нескольких ракурсов.

Обе героини владеют идентичными куклами-кроликами — значимыми для повествования предметами. Прохождение проекта занимает до 3 часов. Решения игрока ведут историю к 4 различным финалам, включая 2 плохих, 1 обычный и истинный. Это приключение содержит элементы микрохоррора и откровенный сексуальный контент, представленный через детализированные анимированные сцены и CG-арт. Для геймеров, столкнувшихся с трудностями при решении загадок, в игре предусмотрены встроенные инструменты с подсказками для облегчения прохождения.