Waking Dreams знакомит со Стивом, мужчиной, страдающим бессонницей после внезапной смерти жены. Его дни и ночи сливаются воедино, ослабляя связь с реальностью. Он начинает замечать искажённые видения и теневые фигуры, материализующиеся в его окружении. Это заточает его в вечном кошмаре наяву — состоянии со стёртой гранью между сознанием и сном, вынуждая ориентироваться в этом новом существовании.

Игровой процесс в Waking Dreams требует от игрока одновременного взаимодействия с несколькими системами. Исследование угрожающих локаций — ключевое занятие, ведущее к головоломкам, мешающим продвижению и требующим решения. Управление ресурсами создаёт постоянное напряжение, заставляя делать выбор в использовании ограниченных припасов. Сражения — центральный элемент, сталкивающий Стива со сверхъестественными существами, охотящимися на него в процессе сборки воедино правды о его расколотом разуме.

Путешествие заставляет Стива столкнуться с самыми тёмными уголками его истории, вскрывая подавленные воспоминания. Эта одиночная игра использует кровь и жестокие столкновения для иллюстрации физической природы угроз, возникающих в его психике. По мере изучения прошлого различие между миром снов и материальной действительностью всё больше стирается. Выживание зависит от контроля инвентаря и прямого боя с призраками, проявляющимися в моменты, когда он восстанавливает цепь событий, приведших к его нынешнему состоянию.