Zefyr: A Thief's Melody предлагает геймеру примерить роль юного воришки, постигающего азы мастерства в Гильдии, которая находится на обширном архипелаге. Центральная задача включает расследование череды загадочных пропаж людей, провоцируя стычки с морскими разбойниками, где предстоит решать: действовать незаметно или вступать в открытую схватку. Главный герой путешествует по морю на черепахе-спутнице для достижения различных локаций, каждая из которых полностью открыта для подробного изучения и покорения самых высоких вершин, предлагая дальнейшие испытания.

Исцеление недужных созданий и поиск основополагающей истины становятся ключевыми задачами в этом мире приключений. Игровой процесс в Zefyr: A Thief's Melody сочетает бег, прыжки и свободное карабканье, значительно упрощая перемещение по открытой местности этого проекта. Протагонист странствует между многочисленными участками суши на черепахе, осваивая умения: незаметные передвижения, различные техники боя, владение луком, применение бомб и абордажного крюка.

Схватки с флибустьерами, охранниками, роботами или иными ворами всегда требуют тактического подхода, давая выбор между прямой атакой или скрытным путем. Эти серьезные столкновения проверяют приобретенные игроком навыки и стратегическую смекалку при выполнении заданий. Древние Стражи олицетворяют еще одну особенность этого мира: одни будут преграждать дорогу герою, другие же затаятся, ожидая момента для обнаружения и взаимодействия. Предусмотрено множество второстепенных занятий, например, розыск и применение целебных плодов для лечения всевозможных существ, сбор цветов и нахождение затерянных картин по архипелагу.