EXAPUNKS переносит пользователя в вымышленный мир 1997 года. Континент, где живет главный герой, сильно компьютеризирован, а вирус с кодовым именем Phage заражает население, превращая всех носителей в компоненты от компьютеров. Геймеру предстоит взять управление над хакером по имени Мосс, чтобы взламывать защищенные системы и позволить себе лекарство, стоящее 700 долларов в день.

При помощи вакцины протагонист не превратится в компьютерную часть и замедлит развитие болезни. Секретный AI под названием EMBER-2 дает центральному персонажу хакерские задачи и помогает при прохождении. Читая ЖИНЫ, юзер научится взламывать труднопроходимые системы. Подпольная газета TRASH WORLD NEWS содержит в себе многообразную инструкцию по тому, как добывать запрещенную информацию и взламывать программы. Уход без следа, репликация самого себя, прохождение сетей, завершение работы вражеских EXA и прочие функции выполняются при помощи собственных агентов выполнения.

Хакер умеет создавать домашние проекты, участвовать в пасьянсе во время взлома серверов, либо сражаться в режиме hack and match. В геймплее представлено многопользовательское участие, позволяющее соревноваться с друзьями, запуская программы против них. При помощи мастерской, геймеры делятся своими сценариями и разработками, а редактор помогает проектировать индивидуальные миссии.