Space Sprouts сосредоточена на исследовании, решении задач на основе физики и управлении временем в нелинейной космической среде. Юзеру предстоит взять на себя роль Оды, начинающего путешественника, управляющего сложным и развивающимся кораблем. В тайтле взаимодействие с объектами происходит в соответствии с физической симуляцией, что требует от игроманов адаптироваться к меняющейся обстановке и использовать логические связи между предметами для продвижения вперед.

Каждое путешествие ограничено по времени, что создает динамичный опыт, в котором знания, полученные в предыдущих попытках, могут привести к новым открытиям. В Space Sprouts движение и контакт с окружающей средой зависят от сочетания динамической гравитации, физики объектов и взаимосвязанных механизмов. Пользователь может ходить, плавать или манипулировать гравитацией, чтобы получить доступ к различным частям судна.

Объекты в сеттинге реагируют на силы, а контакт между сигналами, машинами и предметами служит основой для решения головоломок. Звездолет наполнен различными комнатами, содержащими скрытые элементы, которые можно открыть путем экспериментов и повторных прохождений игры. Структура тайтла поощряет повторное исследование, поскольку каждый сеанс дает дополнительные сведения о функциях корабля и его прошлых обитателях. Инопланетные растения, необычные гаджеты и механика, связанная с черными дырами, вносят разнообразие в задачи, с которыми сталкиваются юзеры.