Kittengumi: The Sakabato's Thief представляет мир, разворачивающийся в Гапоне, альтернативной версии Японии, населенной антропоморфными животными. Основная история повествует о двух протагонистах — коте и панде, считающей себя котом, — которые берутся за свое первое официальное поручение. Они состоят в Киттенгуми, отряде самураев-кошек, охраняющих покой города Ньедо, аналога исторического Эдо. Их миссия заключается в поиске вора, похитившего сакабато — одно из ценных сокровищ Киттенгуми, что вынуждает их общаться с многочисленными жителями города.

Будучи визуальной новеллой, Kittengumi: The Sakabato's Thief направляет развитие сюжета через выборы, предлагаемые игроку в процессе прохождения. Решения, принятые в диалогах и при встречах с другими персонажами, напрямую влияют на поступки протагонистов, Рюдамы и Куманэко. Таким образом, эти решения создают разветвленные повествовательные линии, приводящие к одному из 10 различных финалов. Последствия этих выборов имеют большое значение и определяют, поймают ли главные герои преступника, останутся ли они невредимыми или придут к одной из печальных развязок.

Кроме того, данный проект является первой частью в запланированной серии визуальных новелл, повествующих о приключениях разных членов самурайского отряда. Вселенная Гапона содержит проработанную мифологию, особые отсылки и биографии действующих лиц, выходящие за рамки основной сюжетной линии о краже сакабато. В игре предусмотрена функция выбора сцен, позволяющая геймеру возобновить повествование с любого ранее открытого момента. Такая система дает возможность исследовать все сюжетные варианты без необходимости начинать игровой процесс заново при каждой попытке.