Lilia: The Fallen Flower in the Prison City предстает как ролевая игра с повествованием, в которой главные героини, Лилия и Шерил, оказываются в угнетающем городе-тюрьме Луксурии. Тайтл вращается вокруг их борьбы за свободу, поскольку они вынуждены работать и собирать материалы, замышляя побег. Сама локация резко контрастирует с идеалами королевства Фрезия, в которой упор делается на превосходство людей и жестокое обращение с местными монстрами.

Эти темы лежат в основе путешествия персонажей по городу, похожему на подземелье, и поиска возможности вырваться на свободу. В этом Lilia: The Fallen Flower in the Prison City юзеры будут попеременно управлять парочкой, у каждой из которых своя уникальная роль. Лилии поручено исследовать опасную Дыру Люксурии, подземелье, кишащее монстрами и ценными ресурсами, а Шерил занимается повседневной работой, необходимой для поддержания их на плаву. По мере прохождения тайтла юзеры должны балансировать между этими задачами, избегая наказаний и накапливая достаточно материалов для побега.

Персонажи сталкиваются не только с физическими, но и с социальными трудностями, поскольку им приходится иметь дело с суровыми реалиями жизни в угнетающей среде. Механика собирательства, ремесла и боя имеет решающее значение для выживания. Способность Лилии исследовать местность тюряги во многом зависит от оружия и инструментов, которые она может создавать. Однако из-за своей хрупкости это оружие требует постоянного ухода и ремонта, что делает управление ресурсами ключевым компонентом геймплея.