Mate начинается с трудного перевода Хикари Вашингтон в новую сельскую школу — периода изоляции, резко обрывающегося. Воссоединившись с бывшей одноклассницей, она узнаёт о закрытии учебного заведения и замечает полицию, что запускает цепь таинственных событий. Игрокам предстоит собрать команду до 4 человек из 16 колоритных личностей. Этому отряду поручено исследовать город и разрешать различные трудности, возникающие по ходу развития сюжета.

Прохождение Mate основано на применении способностей отряда и взаимодействии с окружением. Каждый персонаж наделён уникальными умениями, а предметы в мире позволяют преодолевать препятствия. Учебную парту можно передвинуть для доступа к высокому уступу, тогда как забытый проездной не даст пройти через турникеты на станции. Эта игра предлагает выбор в подобных ситуациях: например, можно решить, вернётся ли владелец за своей сумкой лично или попросит о помощи одноклассника, что открывает простор для поиска нестандартных решений.

Действие разворачивается в крупном японском городке, где эффективное перемещение является ключевым элементом. Исследовать обширную карту пешком непрактично, поэтому игрокам предстоит пользоваться общественным транспортом — поездами и автобусами. Транспортная система тесно связана с решением головоломок, ведь доступ к ней может зависеть от особых вещей героев. Успешное выполнение любой миссии определяется комбинацией выбранного персонажа, задействованного объекта и момента совершения действия.