Star Clicker Odyssey ставит игрока во главе флота против галактической угрозы, поручая ему защиту Земли. Основной геймплей включает сражения с последовательными волнами вражеских судов, где каждая волна представляет собой различное построение противника. Прогрессом можно управлять активно через прямое участие или пассивно, пока проект функционирует самостоятельно, позволяя продвигаться вперед даже без прямого взаимодействия. Ваша собранная армада вступает в непрерывный конфликт в многочисленных галактических секторах.

В Star Clicker Odyssey предстоит строить и улучшать эскадру, имея доступ к более чем 200 моделям кораблей. Центральное повествование включает путешествие в пространстве-времени внутри пузыря, усиливающего научные открытия человечества и позволяющего вступать в противостояние с технологически иными цивилизациями. Для продвижения необходимо перемещаться через черные дыры, нарушая законы физики и повторяя цикл для преодоления всех противников в данном регионе.

Такая механика позволяет планомерно накапливать ресурсы и боевую мощь за счет повторных попыток и стратегического управления. Этот тайтл содержит режим наблюдателя, позволяющий вблизи смотреть за автоматическими битвами между враждующими соединениями. Отдельная функция рабочего стола проецирует корабли геймера на фон экрана, давая им возможность летать по дисплею во время использования других программ. Для начального руководства и поддержки голографический проектор вызывает фигуру ассистента, предоставляющую обучающие материалы и подсказки.