События шутера от первого лица начинаются с того, что мы знакомимся с известным персонажем серии Tom Clancy's Splinter Cell Chaos Theory — Сэмом Фишером. Он агент специального назначения, выполняющий все свои убийства и дела в жанре стелс. Помимо того, что события игры развивают сторонний от сил Америки конфликт, главный герой обязан спасти программиста, работающего с неким Филипом Массе, ранее разработавшим специальные компьютерные алгоритмы для ведения информационной войны. На фоне этих событий КНР и КНДР создают почву для начала информационной войны с Японией. Нарушив девятую статью конституции Японии, страна восходящего солнца дает надежды Третьему Эшелону на то, что войны не будет, но цель Фишера — выкрасть с Перу программиста Брюса Моргенхольта.

Во время первой миссии мы узнаем, почему похитили Брюса, зачем владельцу террористической организации информация. Оказывается, что организация Дисплейс Интрнешионал специально нанимает Ласерду для того, чтобы тот украл Брюса. Америка верит в то, что информационная атака, отключившая всё энергоснабжение в Японии и восточном побережье США, - это дела рук КНР и КНДР, но только Сэм сможет узнать правду. В процессе сюжетной кампании мы побываем в США, КНР, Японии, Панаме, Южной и Северной Корее. В каждом государстве есть человек, мешающий Третьему Эшелону сделать мировую политику по отношению к алгоритмам. Сэм владеет теми же средствами, что и в прошлой части. Он может пробираться по стенам, атаковать из воздушного трубопровода, делать скрытные убийства с помощью своих рук и только, но и ведение перестрелок никуда не убрали, наоборот — сделали красочнее. Оружия у протагониста не так много, потому что упор в игре делается на стелс. Чем больше убийств мы совершим незаметно, чем лучше будут наши показатели, награды и повышенные характеристики.