Атмосфера в GNOSIA наполнена детективным настроением, где герою придется заниматься расследованием различных запутанных дел. Вселенная игры представлена в виде альтернативного будущего, где находятся таинственные существа под названием "гнозии", что притворяются людьми и обманом подбираются к своим жертвам. Протагонисту нужно выяснять кто настоящий человек, а кто убийца, маскирующийся под обликом симпатичной девушки. Игра выполнена в жанре ролевой визуальной новеллы, где приходится полагаться на социальную дедукцию и разгадывать секреты персонажей.

Пользователи в ГНОЗИЯ будут беседовать с различными личностями, стараясь выяснить правду при помощи правильно поставленных вопросов. Придется читать диалоги между героями новеллы, в которой присутствуют элементы рандома и случайных событий. Протагонисту придется взаимодействовать с подозреваемыми, чтобы определиться с решением. Если догадки указывают на "монстра", то этого человека будут погружать в криогенный сон для выяснения обстоятельств. Проект пропитан научно-фантастическим сеттингом, где предстоит отыгрывать разные роли, чтобы вывести на чистую воду подозрительных персон. В процессе прохождения, главный герой будет прокачиваться и получать новые способности, позволяющие эффективнее вычислять опасных для общества существ. Протагонист может сам стать жертвой, поэтому нужно внимательно подбирать реплики в диалогах.