Desktop Dungeons сочетает головоломку с рогаликом и простеньким градостроительным симулятором. Каждый забег в этой инди-игре в среднем длится около 10 минут (или меньше). Любой данж умещается в пределах одного экрана. Одними катакомбами вылазки не ограничивается. Тут есть болотные, пустынные, ледяные и другие локации. Почти все подземелья генерируются случайным образом.

У Desktop Dungeons пошаговый геймплей. Персонаж появляется на карте и начинает исследовать её. Изначально вся зона закрыта "туманом войны". Для победы надо убить босса и найти выход. Однако сначала необходимо прокачаться. За каждое открытие изначально закрытой клетки у героя немного восстанавливается здоровье и мана. Если ранить монстра и затем полечиться таким образом, то у противника тоже начнет регенерироваться HP. Противники не передвигаются, но зато всегда бьют первыми.

Игровой процесс строится на математике. Перед нанесением удара сопернику приходится просчитывать в голове, кто кому сколько урона нанесет и выйдет ли победителем. Также надо считать количество получаемого опыта за убийство каждой разновидности чудовища, так это позволяет быстрее повышать уровни. У недругов тоже есть левелы. Кроме супостатов встречаются магазины, золото, зелья и артефакты, что позволяют наносить больше урона, ломать стены, меняться местами с недругом и т. п.

После возвращения на поверхность юзер отстраивает населенный пункт. Постепенно деревня превратится в фэнтезийный городок. Возведенные здания открывают доступ к новым расам, классам, типам местности, чудищам и возможностям. К примеру, на одном из этапов развития поселка станет возможным экипировать своих бойцов одноразовым лутом, купленным в местной кузнице. Всего здесь 12 специализаций. Их можно поделить условно на 4 типа: воины, маги, воры и лекари. Когда пользователь отправляет в данжи героев, то их всегда придется прокачивать заново.