Prince of Persia: Warrior Within является слешером от третьего лица. Внутри игры достаточно мата, брани, откровенно одетых персонажей и расчлененки, из-за чего игра получила возрастное ограничение 17+. Внутри проекта заложен сюжет, рассказывающий о новых путешествиях во времени Принца Персии. Он решил отправиться на остров Времени, чтобы остановить Императрицу, которая однажды создала Пески Времени и Кинжал Времени. Однако по пути на судно Принца нападает некая Шади со своими песчаными демонами. Они убивают всех людей Принца, отнимают его оружие, полностью разрушают корабль, но протагонист добирается до необходимой точки.

Следующая сцена — убийство Шади и спасение Кайлин. Девушка рассказывает, что у Принца нет никаких шансов убедить императрицу, однако рассказывает, как можно пробраться в её замок. Пока принц пребывает на острове, он будет постоянно перемещаться между временными рамками, в которых остров будет варьироваться от полуразрушенного до цветущего. Боевая система принца потерпела значительные изменение, сделавшие её лучше! Теперь мы можем подобрать второе оружие, а комбинации не распространяются только на правую руку — теперь, в зависимости от оружия во второй руке, можно сделать усиленную комбинацию, специальные приемы, или попросту быстрее пройти уровень из-за дополнительных атак. Также персонаж иногда будет встречаться с Дакахой — существом, контролирующим потоки времени. Чаще всего он будет настигать нас, когда принц слишком слаб, однако Дакаха всё равно убьет нас с одного удара. В случае встречи необходимо бежать быстро, и не оглядываться назад. В игре можно несколько раз увеличить здоровье до максимума, найдя тайный ход с ловушками.