События игры Star Trek: Starfleet Command III происходят в эпоху "Следующего поколения"/"Глубокого космического девятого"/"Вояджер", причем здесь присутствуют детали сюжета Star Trek: Nemesis. Герои оказываются в галактическом путешествии, где каждый шаг продиктован сюжетом, и участвуют в серии заданий от трех мощных фракций, управляя космическими кораблями с RPG-элементами.

Путешествие начинается с того, что геймер становится новоиспеченным капитаном Клингонской империи, проходя через серию миссий, раскрывающих все новые сюжетные линии с глубокими последствиями. Дальше идет поворот событий, когда герой переходит на службу в Ромуланскую звездную империю. В этом новом статусе игрок становится молодым ромуланским капитаном, который служит под началом адмирала из секретной службы Тал Шиар. Миссия становится крайне сложной: надо уничтожить Единство-1 и вызвать разлад между Федерацией и клингонами. С помощью украденных технологий Федерации, герой создает хаос между Федерацией и клингонами, что в конечном итоге приводит к уничтожению Единства-1.

После этого глобального инцидента, игрок перевоплощается в капитана Звездного флота Объединенной федерации планет. В обстановке, когда Единство-1 разрушено, а Федерация и Клингонская империя близки к конфликту, герой отправляется в путешествие за правдой, ведя расследование и занимаясь восстановлением порядка. Герой выполняет ряд заданий для нейтрализации угрозы от Тал Шиар и привлечения к ответственности виновников катастрофы Единства-1.

Коллектив Боргов вступает в игру как четвертая игровая раса, хотя их кампания проходит вне основной сюжетной линии. Этот неожиданный сюжетный поворот придает игре новую грань, расширяя сюжет за рамки трех супердержав и представляя нового противника. С каждым новым заданием интрига усиливается, риски возрастают, и приключения на крайнем фронтире становятся все более напряженными. Вот такова игра Star Trek: Starfleet Command 3 - путешествие, которое забросит вас туда, где до вас еще не было ни одного игрока.