В визуальной новелле Fatal Twelve рассказывается о Шишимай Ринке, старшекласснице, которая раньше владела небольшой кофейней, назвав её Lion House. Она проживала обычную жизнь, но однажды ей пришлось побывать в зоне взрыва. Это произошло в солнечный день, она шла домой вместе с подругой по имени Наоми. Главная героиня, пытаясь спасти жизнь подруги, погибла сама, но помогла другому человеку.

После катастрофы она вернулась в кафе, где начала счастливо общаться с посетителями, будто ничего не произошло. Через несколько мгновений она переносится в таинственный мир, где встречается с Паркой, странной девушкой, говорящей, что она богиня. После короткого диалога Ринка узнала, что стала участницей Божественного отбора. В специальном ритуале предстоит состязаться с другими участниками в течение 12 недель. Двенадцать людей соревнуются между собой и пытаются отменить собственную смерть. Среди других погибших оказался друг по имени Михару.

Чтобы пройти Божественный отбор, протагонистке потребуется устранить других противников, собирая их информацию, узнавая их имя, причину смерти, сожаления при жизни и о других аспектах. Геймплей представлен в виде визуального романа, созданного в аниме-стилистике. Игрок наблюдает за событиями, происходящими в жизни центрального персонажа. Прохождение сфокусировано на диалогах и выборах, влияющих на дальнейшее повествование.