Gnomes представляет собой пошаговую tower defense, включающую элементы roguelike-прогрессии. Пользователи занимаются строительством, фермерством и защитой деревни в процедурно генерируемых биомах. Основная деятельность заключается в управлении гномами для защиты урожая от наступающих гоблинов на карте, которая ежедневно расширяется. Процесс геймплея происходит пошагово: геймеры размещают юнитов, создают оборону и развивают экономику. Задача состоит в выживании во множестве процедурно генерируемых столкновений для последующей встречи с королем гоблинов на его территории. Такая структура требует от игроков адаптации методов по мере развития ситуации.

Каждая сессия в Gnomes предлагает уникальное прохождение, использующее сочетание заранее подготовленного контента и генерируемых элементов. Юзеры приобретают случайно предлагаемые улучшения, комбинируя их для повышения эффективности своего подхода. Продвижение открывает доступ к дополнительным картам и гильдиям, вводя разнообразные механики геймплея и специфические испытания для геймеров. Различные гильдии предоставляют альтернативные стартовые условия, включая определенный тип гнома, начальную экономическую базу и определяющую реликвию, что ведет к отличающимся характеристикам и результативности в разных обстоятельствах. Игроки используют реликвии, растения, инструменты и постройки, ища комбинации, позволяющие задействовать ресурсы карты при сохранении защиты от сил гоблинов. Бесконечный режим становится доступным после победы над королем гоблинов, предлагая продолжение проекта против прогрессивно усложняющихся волн врагов до момента, когда пользователь будет побежден.