Hopeless Sea представляет мир, погрузившийся под воду после климатической катастрофы, растопившей полярные льды. Подъем уровня моря более чем на 50 метров сделал 90 прибрежных мегаполисов планеты непригодными для жизни, вынудив уцелевших перемещаться вглубь континента, спасаясь от мощных штормов. Вскоре из океанских глубин возникла новая угроза — мутировавшие агрессивные морские создания, которые стали атаковать последние оплоты людей.

Для спасения цивилизации в море отправляют последнюю миссию, чтобы отыскать источник появления тварей и устранить первопричину бедствия. Каждое плавание в Hopeless Sea становится уникальным противостоянием, так как отряды противников процедурно генерируются для каждого заплыва. Управление судном среди этих опасностей требует постоянного маневрирования для выживания под натиском морских чудовищ. Единственная ошибка в пилотировании может привести к гибели корабля и безвозвратному завершению текущей экспедиции.

Продвижение в игре зависит от ресурса, получаемого с поверженных монстров, который затем обменивается на вооружение и улучшения на черном рынке. Игрок начинает вылазку с выбора командира и конкретного корпуса, что определяет игровой стиль для всего похода. На протяжении миссии принимаемые решения позволяют улучшать параметры и возможности судна. Схватки с боссами двигают сюжет, раскрывая детали истории о всемирном потопе. Эти элитные создания и их орды атакуют с большой точностью, превращая выживание в постоянную проверку навыков.