В Megabonk геймер противостоит бесконечным волнам существ на случайно сгенерированных картах. Главная задача — выдержать натиск как можно дольше, применяя механики слэшера и шутера от третьего лица. С усилением орды выживание зависит от уничтожения противников и маневрирования в пространстве. Цель каждого этапа — найти и одолеть босса локации, открыв доступ к новой, более трудной зоне. Этот цикл сражений и развития определяет ключевой геймплей.

В любом забеге Megabonk развитие персонажа основано на уничтожении врагов для сбора очков опыта. При каждом повышении уровня герою предлагается выбор из случайных усилений. Эти бонусы различаются по редкости, что заставляет адаптироваться и делает каждую попытку неповторимой. Игроки комбинируют эти апгрейды с добычей, создавая уникальные сборки, рассчитанные на всё более хаотичные ситуации. Такая система поощряет эксперименты с поиском эффективных комбинаций для отражения атак.

Выполнение особых внутриигровых испытаний открывает постоянные улучшения для будущих забегов. Становятся доступны новые герои, обладающие уникальными способностями и меняющие стратегические подходы. Арсенал пополняется свежим оружием, томами и предметами, что добавляет новые силы и синергии в общий набор усилений. Карты разделены на 3 уровня возрастающей сложности, и каждый этап генерируется процедурно. Продвижение по этим трудным уровням зависит от победы над боссом предыдущей области.