Magical Girl Witch Trials открывается сценой пробуждения старшеклассницы Эммы в мрачной тюремной камере. Она оказывается одной из 13 девушек, насильно привезённых в комплекс на отдалённом острове. Появившаяся сова заявляет, что среди них скрывается ведьма, и её необходимо найти. Пленницам объявляют, что они проведут здесь остаток жизни, если не сумеют разоблачить виновную на формальном суде. Ключевая задача — изучить своих товарок по несчастью и подготовиться к предстоящему противостоянию.

Геймплей Magical Girl Witch Trials строится на исследовании тюрьмы для сбора улик и сведений. Общение с остальными 12 пленницами служит основой для построения дела и понимания разворачивающейся загадки. Во время судебного заседания игрок применяет логику для сопоставления фактов, определения типа магии, используемой ведьмой, и планомерного разоблачения её лжи. Верный вердикт ведёт к казни виновной, продвигая вперёд основной сюжет.

Принимаемые геймером в ходе следствия решения напрямую влияют на сюжет и взаимоотношения персонажей. Развитие истории зависит от выбранных реплик в диалогах и совершённых поступков, открывая доступ к нескольким концовкам для всей группы. Механика выбора и последствий определяет, какие тайны удастся раскрыть и кто сможет пережить суровое испытание. Атмосфера проекта сочетает готическую загадочность, дедукцию и элементы социальной симуляции, прерываемые сценами жестокости.