Chronoquartz — это приключенческая головоломка, где продвижение напрямую зависит от информации, полученной в ходе предыдущих неудачных попыток. Весь игровой процесс построен на идее временных циклов, в рамках которых необходимо собирать сведения для преодоления препятствий в будущих итерациях. Главная цель заключается в противодействии антагонисту по имени Мортас, чьи амбиции направлены на захват одноименного артефакта с целью манипуляции ходом истории. Каждое действие имеет решающее значение, поскольку от верной последовательности шагов зависит успех всей миссии по спасению временной линии от катастрофических изменений.

История начинается с того, что облаченный в плащ протагонист пробуждается в тюремной камере замка, захваченного армией ящеров. Основой механики выступает жесткое ограничение: каждый цикл прерывается после совершения 10 перемещений между локациями, после чего происходит перезапуск. В Chronoquartz накопленные сведения из предыдущих циклов становятся главным инструментом, позволяя вскрывать зашифрованные замки и находить тайные ходы. Память о расположении предметов и решении загадок помогает выстраивать оптимальные маршруты для дальнейшего продвижения по сюжету.

Большинство достижений, включая полученные ключи и открытые двери, аннулируются с началом новой петли, что заставляет искать нетривиальные решения. По мере прохождения открывается возможность сохранять один предмет в инвентаре между перезапусками, что значительно расширяет вариативность решения задач. Постепенно герой выбирается за пределы стартовой локации, получая доступ к новым областям со своими уникальными правилами и испытаниями. Проект полностью лишен боевой системы, концентрируя все внимание на интеллектуальных вызовах и решении многоступенчатых головоломок.