School Days помещает игрока в школьную среду, управляемую строгим расписанием занятий. Геймерам предстоит пробираться по забитым коридорам среди сотен других учащихся, где непростая общественная иерархия определяет характер ежедневного общения. Само заведение — это переделанная тюрьма, поэтому основная цель выстоять и преуспеть остается ключевой частью геймплея.

Каждый 24-часовой цикл протекает в реальном времени, от утреннего пробуждения до посещения лекций, и для выживания необходимо постоянно следить за состоянием здоровья. В School Days прогресс зависит от баланса между учебой и общением. Посещение уроков дает знания для сдачи экзаменов и приближает выпуск. Параллельно юзеру предстоит выстраивать уникальные взаимоотношения с сотней других действующих лиц, у каждого из которых своя роль в местном социуме.

Разбираться с задирами предстоит при помощи боевой системы, основанной на рестлинге, что делает рукопашную прямым способом решения конфликтов. Действие симулятора выходит за пределы учебного заведения, в город, наполненный интерактивными вещами для повседневных нужд. Редактор внешности дает возможность создать собственного протагониста и сохранить его черты для всех остальных, чтобы сделать игровой мир уникальным. Также необходимо следить за финансами для оплаты расходов в условиях работающей экономики. События охватывают несколько лет, показывая, как все студенты, включая главного героя, взрослеют и вместе переходят по классам.