Nobodies: After Death — мрачная головоломка, главная цель в которой заключается в полном сокрытии улик после тщательно спланированных ликвидаций. Протагонист выступает в роли специалиста по зачистке, работающего на секретную правительственную организацию. Его задача — безупречно устранить любые свидетельства преступлений, не оставив ни единого следа. Каждое из более чем 100 мест действия представляет собой уникальную, нарисованную вручную сцену, требующую нестандартного подхода и внимательности к деталям. Весь визуальный ряд выполнен в характерной стилистике, погружающей в атмосферу шпионского триллера.

Процесс выполнения заданий строится на решении множества логических задач. От протагониста требуется не только комбинировать найденные предметы, но и мыслить стратегически, чтобы обмануть потенциальных свидетелей. Игровой процесс в Nobodies: After Death предлагает значительную свободу в поиске решения, однако верный путь к успеху всегда только один, тогда как вариантов провала миссии существует множество. Необходимо тщательно исследовать окружение, чтобы использовать подручные средства для инсценировки несчастного случая или полного уничтожения доказательств.

Сюжетная линия разворачивается в 1993 году и является прямым продолжением истории, начатой в предыдущей части. Правительственная структура вынуждена устранять собственных бывших агентов, которые стали предателями. Эти отступники завладели информацией о биологическом оружии, угрожающем мировой безопасности. Миссии агента 1080, лучшего специалиста по зачистке, становятся все сложнее. Ему предстоит не только избавляться от тел, но и противостоять экологической террористической группировке, известной как Terra Nova, что добавляет повествованию глубины и масштаба.