The Lightkeeper переносит Артура, ветерана Первой мировой войны, на отдалённый остров в 1925 году. Он принимает должность единственного смотрителя маяка, стремясь убежать от преследующих его воспоминаний. Его уединение вскоре прерывают тайны прошлого, связанные с необъяснимой судьбой предыдущих работников. По мере выполнения ежедневных задач грань между его восприятием и реальностью стирается, а в темноте пробуждается неведомое присутствие, питающееся страхами героя. Окружающий мир постепенно искажается, заставляя Артура сомневаться в собственном рассудке.

Игровой процесс в The Lightkeeper сосредоточен на выполнении обязанностей смотрителя. Геймерам предстоит управлять световым сигналом башни, вовремя зажигая и гася его, а также следить за запасами масла и топлива. Кроме этих рутинных задач, для исследования доступна вся территория острова, хранящая множество секретов. Изучение изолированного окружения поможет раскрыть сведения о прошлом этого места, обнаруживая записки, личные вещи и другие улики. Каждый найденный предмет приближает к разгадке зловещей тайны.

Сюжет развивается через чередование бытовых дел и расследований, а его продвижению способствуют встроенные кинематографические сцены. Эта история, вдохновлённая реальными событиями, сталкивает протагониста с его хрупким психическим состоянием, где военные травмы переплетаются с гнетущей атмосферой. В кульминации игроку предстоит сделать три ключевых выбора, каждый из которых по-своему отражает внутреннюю борьбу Артура. Принятые решения напрямую определят его дальнейшую судьбу, ведя к одной из нескольких кардинально отличающихся концовок.