Действие Type-NOISE: Shonen Shojo стартует в знакомой, но изменённой версии Токио, где собираются шесть подростков, потерявших память. Запертые в городе, они вынуждены бродить по причудливым лабиринтам в поисках выхода. Единственный путь вперёд лежит через восстановление утраченных воспоминаний, раскрывающее запечатанные страницы прошлого. Главная цель — не просто побег из физического плена, а встреча с настоящими собой, забытыми по веской причине.

Продвижение по сюжету Type-NOISE: Shonen Shojo происходит через решение множества головоломок в формате point-and-click. Игрокам предстоит столкнуться более чем с 40 разнообразными испытаниями, от поиска причинно-следственных связей до сложных логических задач. Некоторые ситуации перерастают в подобие судебных дебатов, требующих выстраивания аргументов и представления доказательств. Все эти преграды органично вплетены в повествование, заставляя постоянно анализировать ситуацию и собирать улики.

Сюжет исследует эмоциональные запреты, скрытые в каждом из шести героев, предлагая для всех отдельные истории. Эти внутренние конфликты находят отражение в сюрреалистичных локациях — лабиринтах, порождённых душевными травмами, с перевёрнутыми марионетками и искажёнными тенями. Принимая решения и открывая правду, игрок направляет группу к одному из нескольких финалов. Вся игра пронизана темами ревности, гордыни и злобы, пока персонажи пытаются излечиться от ран прошлого.