The Legend of Heroes: Sen no Kiseki 2 KAI -The Erebonian Civil War- повествует об империи, охваченной междоусобицей. После убийства Железного и Кровного Канцлера Альянс Дворян захватывает столицу и другие стратегические объекты. Оккупация Военной академии Торс приводит к эскалации, разжигая гражданскую войну с регулярной армией Эребонии. Сюжет развивается в атмосфере масштабных политических беспорядков и открытого вооружённого конфликта.

Главный герой Рин вынужден отступить с передовой после поражения от Лазурного рыцаря в начале The Legend of Heroes: Sen no Kiseki 2 KAI -The Erebonian Civil War-. Он приходит в себя в одиночестве в горах, вдали от своих одноклассников. Путешествие персонажа начинается в полной изоляции, заставляя его пересекать охваченную войной страну. Его основная задача — воссоединиться с разбросанными по миру друзьями и найти выход из нарастающего государственного кризиса, что мотивирует исследовать различные регионы.

Геймплей состоит из перемещения по трёхмерным локациям и пошаговых сражений с противниками. Геймер управляет отрядом, подбирая экипировку и способности для тактических боёв. Специальный скоростной режим позволяет ускорить темп игры, увеличивая вдвое скорость исследования мира и вчетверо — во время битв. Сюжетное повествование уделяет большое внимание проработке характеров и эмоциональному развитию героев, включая возможность выстраивать с ними отношения.

Что ждёт героев в расколотой войной империи:

• Масштабный сюжет о гражданском конфликте в Эребонии.
• Поиск и воссоединение с разбросанными по стране союзниками.
• Тактические пошаговые бои с участием целого отряда.
• Глубокая проработка персонажей и развитие отношений между ними.