Anomaly Rooms помещает героя в единственный школьный класс, застывший вне времени. Главная задача — отыскать способ покинуть это замкнутое и искажённое место. Чтобы продвигаться, необходимо находить аномалии, возникающие в виде едва заметных сдвигов или явных искажений действительности. Любая деталь обстановки подвержена переменам, требуя от геймера постоянной бдительности для распознавания подлинных и изменённых элементов. Само помещение выступает противником, стремящимся запутать и сбить с пути.

Геймплей Anomaly Rooms строится на внимательности и памяти. Игрок изучает и запоминает исходное состояние локации. Затем он должен выявить любые расхождения: при обнаружении аномалии используется красный жетон для знака Выход, а при их отсутствии — зелёный. Такое действие открывает числовой код от дверного замка. Любое решение имеет вес, ведь неверный выбор или пропущенная деталь способны вызвать непредвиденные события, меняющие дальнейший ход игры.

Сюжет подаётся через записки, найденные в учебной комнате, постепенно проясняя причины заточения. Кроме поиска отклонений, предстоит бороться с постоянным чувством страха и ощущением слежки. Совершённые поступки могут активировать ловушки, усиливая психологическое давление. Проект предлагает разные пути, зависящие от принятых решений, но лишь один из них ведёт к свободе, а для разблокировки спасительного выхода нужно соблюдать определённые правила, например, оставлять все предметы внутри.