Kyoto Anomaly помещает людей в сложную, зацикленную сеть задних переулков Киото. Основная миссия геймера состоит в перемещении по этому городскому лабиринту с целью достичь храма Хокан-дзи прежде, чем нахлынут толпы туристов; эта цель оказывается весьма ускользающей. Дальнейший путь определяется внимательным изучением обстановки для выявления малейших несоответствий, после чего предстоит сделать важный выбор направления. Ошибочный выбор или упущенные из виду странности ведут в бесконечную ловушку, вынуждая начинать путь заново в циклически возникающих локациях.

Сюжет Kyoto Anomaly разворачивается с предпринятой попытки посетить храм Хокан-дзи, старания, которое не приносит результата в приближении к знаковому месту. Вскоре персонажи осознают, что оказались заперты в циклически возникающих отрезках улиц, что создает сильное психологическое напряжение. Выход из этого замкнутого круга возможен только при внимательном выявлении определенных странностей или предметов не на своих местах, которые и отличают один виток от следующего. Продолжительность прохождения этого проекта колеблется от 30 до 90 минут, по мере того, как игрок разбирается с загадкой.

Передвижение по улицам требует особой внимательности к деталям обстановки. Заметив необычное, персонаж должен свернуть налево; если же все выглядит обычно, то направо. Такая система принятия решений на каждом распутье определяет дальнейший путь и ведет к одному из 5 различных финалов. Свыше 32 уникальных вариаций окружения испытывают наблюдательность. Этот симулятор предлагает озвучивание на японском и английском языках, а в постоянно встречающихся локациях встречается небольшая деталь, как возможность погладить кошку.