В Ninja Stealth 3 протагонист возвращается из долгого отпуска для оттачивания позабытых навыков. Геймеру предстоит провести персонажа через 30 уникальных уровней, главной целью на которых становится получение компьютера. Задачу необходимо выполнить, незаметно перемещаясь по охраняемым территориям. Каждая локация предлагает серию логических препятствий, испытывающих стратегическое мышление и точность действий. Сюжет этой игры построен вокруг такой программы тренировок.

Геймплей Ninja Stealth 3 строится на уклонении и взаимодействии с окружением с видом сверху. Для прокладки безопасного маршрута геймерам нужно анализировать планировку комнат и пути патрулирования противников. Основная механика позволяет прятаться за ящиками, скрываясь из поля зрения врага. Персонаж также способен применять камуфляж, маскируясь под коробку для слияния с обстановкой. Успех зависит от наблюдательности и точного расчёта времени действий для достижения цели.

Арсенал настоящего мастера скрытности:

• Изучение маршрутов патрулирования противников.
• Использование ящиков для укрытия от вражеских взглядов.
• Маскировка под объекты окружения для слияния с обстановкой.
• Точный расчет времени для захвата цели.

Каждый из 30 этапов является самостоятельной головоломкой с нарастающей сложностью. По сюжету, эти испытания служат тренировкой для мастера боевых искусств, утратившего былую сноровку. Этот однопользовательский проект требует от игрока терпения и планирования для прохождения каждого сценария. Атмосфера тайтла способствует вдумчивому решению задач, ведь любое действие определяет успех или неудачу миссии по добыче нужного предмета.