Pygmalion представляет уровни-головоломки, построенные на манипуляции цветными блоками. Основная задача — очистить поле, сталкивая эти фигуры и тем самым запуская синтез либо разделение цветов на основе их свойств. Каждый этап имеет строгий лимит на число доступных ходов, что требует от геймера дальновидности и стратегического планирования. Успех засчитывается после полного удаления всех элементов за отведенное количество действий в системе, объединяющей простые правила со сложными, многоэтапными решениями.

Игровой процесс в Pygmalion тесно переплетен с повествованием в формате визуальной новеллы. Преодоление логических испытаний открывает научно-фантастическую историю о роботах и развитии у них сложных эмоциональных связей. Сюжет с фокусом на персонажах исследует темы романтики и самоопределения, а завершение каждого этапа открывает доступ к новым главам. Сложность заданий разработана для создания чувства удовлетворения от решенной задачи, что отражает и сюжетные прорывы героев.

Новые уровни предлагают уникальные комбинации, требующие свежего подхода к применению ключевой механики цветов. Геймерам предстоит изучать, как различные оттенки смешиваются и разделяются, чтобы находить эффективные способы очистки экрана. Ограниченное количество ходов превращает каждый этап в продуманное упражнение, где любое действие влияет на всю доску. Весь тайтл построен на методичном открытии, поскольку полное понимание принципов взаимодействия оттенков необходимо для преодоления логических тестов этой игры.