Deus Ex: GMDX предлагает переработанные механики оригинального тайтла, но сохраняет его ключевую сюжетную структуру. Геймер теперь может преодолевать невысокие преграды и использовать приближение оружия, расширяя тактические возможности в бою и при исследовании. Изменённая ролевая система вводит свежие перки, дополнительную настройку вооружения и обновлённый набор аугментаций. Искусственный интеллект стал умнее: противники научились обходить с фланга, вести огонь на подавление и применять разрушаемые укрытия. Также улучшены алгоритмы поиска пути и реакция врагов на тревогу. Проделанная работа исправляет многочисленные технические ошибки и дизайнерские недочёты, не затрагивая сюжет или задания.

Геймплей Deus Ex: GMDX дополнительно обогащён обновлённым интерфейсом и расширенными параметрами. Интерфейс получил быстрый доступ к инвентарю и возможность менять цветовые схемы дисплея, предоставляя игроку больше контроля над информацией. Уровень сложности настраивается через особые опции, меняющие условия игрового процесса. Эти изменения корректируют баланс между навыками, оружием и аугментациями, заставляя механики взаимодействовать иначе. Проект предлагает основу с ключевыми системами, обеспечивающими большую стратегическую глубину в рамках знакомого повествования и окружения.