DesperaDrops погружает в события лета 2028 года, начинаясь с ареста студентки Мики Амаминэ в Италии за убийство, ею не совершённое. Внезапная авария полицейского автомобиля освобождает её вместе с 6 другими преступниками, немедленно превращая всех в беглецов от закона. Группе предстоит скрываться от полиции, одновременно спасаясь от неизвестных преследователей. Этот совместный побег за свободой проведёт их через разные европейские страны в поисках ответов и безопасности.

Центральный конфликт игры DesperaDrops завязан на таинственных нападающих, целенаправленно охотящихся за уникальной силой Мики. Выживание группы зависит от раскрытия правды, стоящей за несколькими связанными между собой загадками. Им предстоит раскрыть секрет, скрытый в способностях героини, установить личности преследователей и выяснить факты об убийстве, послужившем отправной точкой всей истории. Разгадка этих тайн представляет единственный путь к возвращению нормальной жизни из состояния постоянной погони.

Решения игрока напрямую влияют на историю посредством выборов, сказывающихся на симпатии к другим персонажам и преступности главной героини, что ведет к различным концовкам. Во время побега геймплей позволяет выбрать партнера для поездки на мотоцикле, укрепляя связь с ним. Проект также предлагает сценарии в режиме Mission Mode, требующие кооперации: игрок отслеживает записи с 6 камер наблюдения и отдает союзникам указания для выполнения миссий, таких как кража предмета или побег из здания.